注：第二部大纲。 终究是没写完第二部，心中有些遗憾，在这里把大纲发一下吧。 - 埃德加与强尼银手顺着在生物技术基因工厂中发现的线索，找到了一处生物科技一直在秘密租赁的工厂场地。 两人当即决定前往这个神秘工厂，却发现工厂内没有任何一个活人员工，只有机器人在这里巡逻，并且工厂内部十分神秘，并没有显示生物科技的品牌。 在调查后，二人发现该工厂正在一系列流水线地制造不少仿生人。埃德加意识到这是一个被流窜AI控制的工厂，看来AI正在密谋着什么不可告人的实践。 在意识到幕后另有阴谋之后，强尼银手建议埃德加赶紧找V等人寻求帮助，但埃德加却不愿意面对大卫和露西，无奈之下强尼银手选择先去通过罗格联系V。 V惊讶于强尼的复活，在看到埃德加后，她的惊讶变为了无法抑制的欣喜。她几乎是下意识地扑向了她思念的友人，并不肯撒开拥抱。尽管埃德加还因为V没有向大家告知自己的身份和所作所为感到别扭，但看到V后一切不快都烟消云散了。 在V的告知下，埃德加得知是荒坂赖宣嘱托不要讲述荒坂塔中到底发生了什么，因为他需要借此为向军用科技宣战的借口——尽管雇佣兵们都心照不宣地深知荒坂塔中的混乱是V所为而并非军用科技，但毕竟没有人主动声称为此次事件负责。 诸人团聚后，决定利用巫毒帮曾经在太平洲帝国大厦遗落的设备和网络系统再度潜入旧网，询问奥特究竟发生了什么。 通过奥特口中真相得以展开，荒坂三郎的意识体在闯入旧网后彻底变成了AI，在奥特的疏忽下，荒坂三郎大肆吞噬着其他的流窜AI得以不断强大，能够和奥特抗衡。失去人类情感的荒坂三郎在得知荒坂赖宣正在试图摧毁公司体系之后，决心利用流窜AI彻底掌控夜之城。 荒坂三郎在黑墙之外又设立了一道新的屏蔽墙，得以阻断了出自己以外其他流窜AI和黑枪内部取得联系的途径，并利用旧网的检索系统监视着每一个会提到他的名字的流窜AI。 而生物技术的秘密工厂正是荒坂三郎所为，他试图将流窜AI意识植入仿生人中，以形成可以和人类抗衡的军队。 在此无奈之下，奥特不得已借助荒坂三郎的工厂，偷偷将埃德加与强尼银手的印迹打包传输其中，得以让两人回到现实世界，并希望众人能够找机会与自己联系。 诸人得知此时非同寻常，需要寻找更多力量来对抗荒坂三郎。 母亲死后的小爱彻底加入莫克斯帮，并成为了一名帮派中顶尖的雇佣兵，在得知埃德加复活后，她毅然加入了团队。 露西和大卫得到风声后同样赶来，尽管埃德加对两人的相遇有着抵触，但他逐渐意识到自己并没有展现出太多矛盾或憎恶的情绪，事实上，他的感情正在一点一点流逝。 大卫对埃德加充满内疚，他告诉埃德加，当年的代码并非露西所植入，而是另有其人，但埃德加对此持怀疑态度。 - “我不相信你……抱歉，但我一觉醒来，世界已经天翻地覆，我恐怕谁也不会相信了。” - 商量过后，众人决定当机立断黑入AI工厂夺取控制权，以中断荒坂三郎的计划。 在此关头，失踪多年的艾伯纳西前来制止，在与AI合作失败后，艾伯纳西作为弃子，很快沦为了和詹金斯一样的命运——被AI占领了脑子，以在现实中辅佐荒坂三郎进行对人类世界的渗透。 - （然后一些杂七杂八的战斗） （亚当重锤同样被AI复活，成为了彻底的AI机器人，在它试图杀死荒坂赖宣的时候被大卫所制止，大卫成功报仇，亲手杀死了亚当重锤） - 荒坂赖宣得知阴谋之后，决定发动公司的力量对抗荒坂三郎，这关系到现实世界与黑墙之外旧网世界的抗争，原本公司战争的格局被打破。 同时，流窜AI的阴谋也因此暴露在了整个世界，人类与AI的战争正式打响。 - （各种杂七杂八的战斗） - 随着感情的逐渐流失，埃德加意识到自己不是普通的复生，自己的确被奥特转变为了AI，他正在不断地丧失人性，而变成冰冷的逻辑思考系统。 埃德加潜入黑墙，在与黑墙AI的交流中，黑墙告知埃德加自己一直在思考一个问题： 就人类与AI阵营而言，自己究竟是哪一方的叛徒？