在宇宙联盟勉强维持住战线之后，战争进入了一个新的阶段。修炼文明的战争派并未轻易放弃，他们重新组织力量，准备发起更大规模的攻势。
天启军在指挥中心被破坏后，暂时失去了统一的指挥，但修炼文明的战争派并未因此退却。他们在各个星域中重新集结，形成了多个分散的战斗单元，继续对宇宙联盟发起攻击。
宇宙联盟的星球和空间站开始遭受天启军的游击战。由于敌人的行动难以预测，联盟的防御系统难以完全抵御这些零星却频繁的攻击，局势再次变得紧张。
杰克和艾米紧急召开了宇宙议会，讨论对策。他们决定建立一个快速反应部队，由进化者和修炼者组成，负责迅速支援受攻击的星球和空间站。
同时，联盟的科学家们也在努力研究天启军的修炼技术，希望能够找到对抗他们的方法。在艾洛斯的带领下，科学家们发现了一种能够中和修炼者宇宙能量的新型护盾技术，这种护盾能够有效地抵御天启军的攻击。
宇宙联盟迅速将这项技术推广到所有的防御系统中，大大提高了联盟的防御能力。然而，天启军的修炼者们也展现出了惊人的适应能力，他们开始尝试不同的攻击方式，试图找到新型护盾的弱点。
在一次特别激烈的战斗中，凯恩、莉亚和赛伦等进化者再次发挥了关键作用。他们利用新学到的修炼技巧，与天启军的修炼者展开了正面的对决。凯恩的精神控制能力在战斗中成功地干扰了天启军的修炼者，使他们的能量攻击失去了准头；莉亚的心灵感应能力则帮助联盟军队预测了敌人的行动，从而提前做好了防御；赛伦的能量风暴则在战斗中起到了决定性的作用，为联盟军队赢得了宝贵的反击时间。
宇宙联盟的军队在进化者们的带领下，成功地击退了天启军的多次进攻。然而，战争的持续消耗也让联盟的资源开始吃紧，杰克和艾米意识到，他们需要找到一种更为根本的解决方案，以结束这场战争。
在一次深夜的会议中，杰克提出了一个大胆的计划——直接与修炼文明的和平派系进行对话，寻求他们的帮助，共同遏制战争派的行动。艾米虽然对这个计划感到担忧，但也认同这是唯一可能结束战争的方法。
宇宙联盟通过秘密渠道与修炼文明的和平派系取得了联系，并安排了一场秘密的会谈。在会谈中，杰克和艾米向和平派系展示了宇宙联盟的诚意，以及他们对宇宙和平的承诺。
和平派系的代表被杰克和艾米的诚意所打动，他们同意帮助联盟，共同遏制战争派的行动。在和平派系的协助下，宇宙联盟开始对天启军的修炼者进行分化和劝降。
随着越来越多的天启军修炼者选择放下武器，战争的天平开始向宇宙联盟倾斜。然而，战争派的领导者，一位强大的修炼者，却拒绝投降，他准备发动一场孤注一掷的最终攻势。
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