兵部尚书梁廷栋曾是坑死袁崇焕的量大黑手之一，在关押袁崇焕的时候，祖大寿退回山海关，梁廷栋担心自己的所作所为会造成更大的激变，派出自己小弟——兵部职方司主事丘禾嘉担任辽东巡抚。有明一代，在丘禾嘉之前，以举人身份做到巡抚高位的，还有一位名人——海瑞。
丘禾嘉对孙承宗的恢复计划大体是认同的，两人更联名上疏，提出了下一阶段的复辽时间表，并制定了立即收复广宁和右屯的计划。具体内容为：明军先出兵占据右屯，将大凌河城重新修缮，此城自后金拆毁后便一直废弃；如此，锦州、大凌河与右屯三地便能形成互相倚靠的掎角之势。守住这三个据点后，再向东北逐步推进，以图收复更远的广宁城。
两人的矛盾焦点聚集在祖大寿身上。为报复祖大寿，丘禾嘉想让祖大寿去修大凌河城。如果后金攻下大凌河城，可以为自己除掉祖大寿。即便守住也能尽可能削弱祖大寿的关宁军，也可为自己捞一份军功。可惜崇祯皇帝最终亲自下令，让何可纲去修筑大凌河城。丘禾嘉眼见计策不成，就把祖大寿从锦州调到宁远，锦州总兵的位置则是由吴襄接任。
吴襄是祖大寿的妹夫。丘禾嘉的此番任命，旨在在关宁军不乱的前提下，利用吴襄为关宁军注入新的力量。然而，对于丘禾嘉的这一人事任命，孙承宗并不接受。吴襄之前只是一名中军，并无显著的战功；将锦州城交给他来防守，孙承宗难以放心。因此，孙承宗直接上疏朝廷，请求调丘禾嘉改任南京太仆寺卿。
有兵部尚书在朝中为丘禾嘉背书，大家都觉得孙承宗恐怕不能得偿所愿。不过谁也料想不到，崇祯会一如既往的支持孙承宗，接到孙承宗奏折之后立马找来户部、兵部尚书选人接替，最后强势让兵部职方司郎中孙谷接任，下达调丘禾嘉前往南京的任命书。孙谷接到认命之后一直受到顶头上司梁廷栋的干预，导致不敢前往接任，又没人向崇祯报告，此事便一直在拖着。
武举科考结束后，梁廷栋恰巧因要丁忧而离开了中枢。没有了梁廷栋的帮忙讲话，朝廷里的言官们又开始议论纷纷，他们认为大凌河城太过荒僻，重修是浪费钱粮。目前的关键是，应吸取己巳之变的教训，将防御重心放到蓟州一线来。一个是守成一个是蚕食，只要执行的好都没问题，毕竟整个明朝赋税确实不宽裕。朝堂上下又陷入换乱，谁都不能说服谁，吵的不可开交。崇祯一偏向孙承宗，另一方就有人跳出来一心为公的样子。最后罢免了出头的几人，退休前让锦衣卫好好调查一番这事才算平息下去。
丘禾嘉收到朝廷内的风声，记恨上了孙承宗，奈何手指拧不过大腿。于是将之前调给何可纲用于外围防守的一万客军，在没有知会何可纲的情况下，从右屯卫私自调回锦州。大凌河城完全丧失防卫，暴露在后金面前。像老天爷眷顾似得，就这么个空余时间正好赶上皇太极率军前往大凌河，一路没有任何抵抗防卫。等何可纲收到消息，准备安排人员前去驻防的时候已经来不及了，皇太极大军兵临大凌河城下。
朱政虽是穿越而来做了崇祯皇帝，是这个世界最大蝴蝶，但毕竟是一个人，穿越过来的时间太短，加之对整个明朝的历史了解不多，崇祯还有诸多掣肘，没办法事事都能影响到。而且此事也是崇祯故意没做太多干预，想着按照历史进程能够打击一下后金，挽回大明军队士气。